O acervo do MUTE é constituído na sua quase totalidade por espólio de arte sacra. Uma mancha significativa deste núcleo, constituída por património integrado e espólio móvel, já habitava nos dois monumentos religiosos que constituem as instalações do museu.

O acervo do MUTE foi sendo enriquecido com a incorporação de bens provenientes de outros templos situados no centro histórico de Ponte de Lima, assumindo relevo especial as peças oriundas da Igreja Matriz.

Além do espólio de cariz religioso, o MUTE tem à sua guarda património arqueológico, sobretudo material cerâmico, produto de escavações levadas a cabo no território do Concelho de Ponte de Lima.
As colecções mais representativas são a Escultura, a Pintura, o Mobiliário e os Têxteis. Situam-se cronologicamente entre os Séculos XV e XIX.

Existem outras colecções significativas formadas por objectos incluídos em outras categorias museológicas, caso da Ourivesaria, os Metais, a Cerâmica e o Espólio Documental, com objectos em pergaminho e papel.