A ideia de criar um Museu de Arte Sacra em Ponte de Lima nasceu nos anos Sessenta do século XX, no seguimento das obras de recuperação encetadas na igreja Matriz da mesma localidade. Perdida a função original de parte do valioso espólio existente nesse templo, de imediato foi sentida a necessidade de encontrar um novo espaço que permitisse a salvaguarda e a divulgação do património religioso que a Matriz albergava. A igreja do antigo Convento de Santo António foi o espaço escolhido para reunir o espólio proveniente da Matriz, tendo as autoridades eclesiásticas permitido a sua desafectação ao culto.

Germinava o projecto de constituir a partir daqui um Museu que integraria também peças provenientes de outras igrejas e capelas da vila e do concelho, bem como doações e depósitos feitos por particulares. A concretização desse projecto adquiriu novo alento a 2 de Janeiro de 1975 com a fundação do Instituto Limiano - Museu dos Terceiros, cujo Acto Inaugural só ocorreu mais tarde, a 30 de Abril de 1977.

Constituído por dois monumentos religiosos (parte remanescente do extinto Convento de Santo António e edifício da Ordem Terceira de S. Francisco), foi o espaço palco de várias intervenções ao longo dos séculos. Funcionando já como Museu, foi enriquecido, na década de 80 do século XX, com outras colecções, nomeadamente de etnografia e arqueologia.

Embora fosse aumentando o acervo, os edifícios foram-se degradando e em a 18 de Fevereiro de 2002 foi celebrado um Protocolo entre o Instituto Limiano e o Município de Ponte de Lima, que estabeleceu uma gestão conjunta do Museu por parte das referidas entidades, visando a recuperação e dinamização futuras.

Desde essa data foram elaboradas duas candidaturas aos Fundos Comunitários: Programa Operacional da Cultura e à Operação Norte. A primeira visou a recuperação do edifício e dos seus elementos artísticos e a segunda a recuperação de algumas peças inseridas na exposição permanente e a informatização do inventário do acervo do museu.